Μετά την σφαγή και την πυρπόληση,τα δύο χωριά δεν κατοικήθηκαν ποτέ ξανά.
Οι χήρες και τα ορφανά δεν επέστρεψαν στα ερείπια και δημιούργησαν στη θάλασσα τα Νέα Κερδύλια.
Η Σφαγή στα Άνω και Κάτω Κερδύλια ή Σφαγή των Κερδυλίων, όπως είναι γνωστότερη σήμερα, αποτελεί μια από τις πιο γνωστές ανθρώπινες τραγωδίες κατά την διάρκεια του Β’ Παγκοσμίου Πολέμου στην Ελλάδα καθώς περισσότεροι από 200 άμαχοι κάτοικοι των Άνω και Κάτω Κερδυλίων Σερρών εκτελέστηκαν από άνδρες του γερμανικής Βέρμαχτ ως αντίποινα για τη δράση ανταρτών στην περιοχή και για την βοήθεια των κατοίκων των εν λόγω χωριών προς τους αντάρτες.
Τα χωριά Άνω και Κάτω Κερδύλια βρίσκονται χτισμένα σε ορεινή περιοχή του νομού Σερρών, κοντά στις ακτές του Στρυμονικού Κόλπου και την Αμφίπολη.
Λίγους μήνες μετά την κατάληψη της Ελλάδας από τα γερμανικά στρατεύματα ιδρύθηκε στην Κεντρική Μακεδονία, κυρίως με πρωτοβουλία του Γραφείου του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας για την περιοχή της Μακεδονίας και της Θράκης, η οργάνωση Ελευθερία. Ακολούθησε στα μέσα του καλοκαιριού του 1941 η δημιουργία της αντάρτικης ομάδας Οδυσσέας Ανδρούτσος στην περιοχή της Νιγρίτας και της αντάρτικης ομάδας Αθανάσιος Διάκος στα ορεινά του νομού Κιλκίς. Στις αρχές Σεπτεμβρίου αντάρτες της ομάδας Οδυσσέας Ανδρούτσος με αρχηγό τον δάσκαλο Κερδυλιώτη Θανάση Γκένιο (Λασάνη) και υπαρχηγό τον Περικλή Σταματόπουλο προχώρησαν στον αφοπλισμό των σταθμών της γερμανικής χωροφυλακής στα χωριά Ευκαρπία και Μαυροθάλασσα και στις 27 Σεπτεμβρίου 1941 στον αφοπλισμό του σταθμού της χωροφυλακής στη Δάφνη, στην περιοχή της Νιγρίτας.
Μετά τις επιθέσεις των ανταρτών στους σταθμούς της χωροφυλακής των παραπάνω χωριών η γερμανική πλευρά εστίασε την προσοχή της στην ευρύτερη περιοχή. Έγιναν έρευνες στην περιοχή και ανακρίθηκαν κάτοικοι, στους οποίους επισημάνθηκε ότι η συνέχιση της παροχής βοήθειας στους αντάρτες θα είχε πολύ αρνητικές συνέπειες για τους ίδιους και για τα χωριά τους. Παρόλα αυτά οι πληροφορίες που συνέλεξαν οι κατοχικές δυνάμεις δεν ήταν σημαντικές ώστε να μπορέσουν να εντοπίσουν τους αντάρτες και αυτούς που τους βοηθούσαν.
Έτσι σε μια σύσκεψη που έγινε στην υπηρεσία αντικατασκοπίας στη Θεσσαλονίκη στα τέλη Σεπτεμβρίου αποφασίστηκε η οργάνωση ενός δικτύου πληροφοριοδοτών (γερμανικά:Vertrauensleute ή V-Mann ελληνικά: Άνθρωποι εμπιστοσύνης) στην περιοχή μέσω του οποίου θα έπαιρναν οι Γερμανοί πληροφορίες για τις κινήσεις των ανταρτών, για το που έκρυβαν τον οπλισμό τους και για το πως γινόταν η τροφοδοσία τους.
Στις 10 Οκτωβρίου του 1941 ένας κάτοικος από τα Κάτω Κερδύλια, ο Δημήτρης Κίκηρας προσπάθησε να ληστέψει τον καλόγερο Γρηγόριο Καρακαλινό, που βρισκόταν στο μοναστήρι του Αγίου Δημητρίου. Η ληστεία απέτυχε, ο Κίκηρας σκότωσε τον βοηθό του καλόγερου και τραυματίστηκε ο ίδιος. Σύμφωνα με μια εκδοχή, ο καλόγερος ήταν αυτός που τραυμάτισε τον ληστή με ένα τσεκούρι, την ώρα που ο τελευταίος έσκυβε να του αρπάξει χρήματα. Ο καλόγερος κατήγγειλε το περιστατικό στην αστυνομία και λίγο αργότερα ο δράστης συνελήφθη στο σπίτι ενός γιατρού, όπου είχε καταφύγει για να περιποιηθεί το τραύμα του. Ο Κίκηρας είχε πραγματοποιήσει τη ληστεία προκειμένου να εξασφαλίσει χρήματα, τα οποία χρωστούσε σε κάποιους αντάρτες. Του τα είχαν δώσει οι ίδιοι για να τους αγοράσει τρόφιμα και προμήθειες, αλλά εκείνος τα καταχράστηκε και τα ξόδεψε. Όταν τον απείλησαν για να τα επιστρέψει, απελπίστηκε και προσπάθησε να τα κλέψει από τον καλόγερο.
Έτσι, κατά την ανάκριση του, ο Κίκηρας, για να εκδικηθεί τους αντάρτες, πρόδωσε τα ονόματά τους στους Γερμανούς. Οι Γερμανοί έκαναν έφοδο στα Κερδύλια και διεξήγαν έρευνα για να εντοπίσουν όσους είχαν κατονομαστεί από τον προδότη, αλλά χωρίς αποτέλεσμα. Φεύγοντας απείλησαν τους κατοίκους με αντίποινα σε περίπτωση που βοηθούσαν τους αντάρτες. Ο φόβος που σκόρπισαν τα λόγια των Γερμανών ήταν τέτοιος, που οι κάτοικοι των δύο χωριών μετά από σύσκεψη, συνέστησαν μια επιτροπή. Με επίσκεψή τους στη γερμανική διοίκηση στη Θεσσαλονίκη, τα μέλη της, θα προσπαθούσαν να διαφυλάξουν τα δύο χωριά από επικείμενα αντίποινα. Ήταν όμως αργά. Οι Γερμανοί είχαν πάρει την απόφασή τους. Προτού προλάβουν να επιστρέψουν τα μέλη της επιτροπής, είχαν πραγματοποιήσει το έγκλημα.
Ξημερώματα της 17 Οκτωβρίου 1941, δύο λόχοι του 220ου Τάγματος Σκαπανέων της Βέρμαχτ με δύναμη 250 ανδρών υπ;o τις διαταγές των λοχαγών Βέντλερ (Wendler) και Σράινερ Σράινερ ξεκίνησαν από τον Σταυρό Θεσσαλονίκης για τα Κερδύλια έχοντας μαζί τους κρατούμενους Κερδυλιώτες. Φτάνοντας κοντά στα χωριά άφησαν τα αυτοκίνητα, άρχισαν να ανεβαίνουν από τρία σημεία και περικύκλωσαν τα Άνω Κερδύλια από την θέση Στρόβολο και τα Κάτω Κερδύλια από την θέση Λειβάδια. Η χρονική στιγμή εκδήλωσης της επιχείρησης και το γεγονός ότι άφησαν τα αυτοκίνητα μακριά από τα χωριά δείχνει οι Γερμανοί στρατιώτες ήθελαν να αιφνιδιάσουν τους κατοίκους. Και πραγματικά σχεδόν το σύνολο των κατοίκων των δύο χωριών συνελήφθη. Κανείς δεν προσπάθησε να αποδράσει επειδή οι κάτοικοι, καθώς δεν υπήρχε ανάλογο προηγούμενο, δεν πήραν στα σοβαρά τις γερμανικές απειλές.
Το μνημείο στα Κάτω Κερδύλια. Σε αυτό το σημείο εκτελέστηκαν οι κάτοικοι των Κάτω Κερδυλίων.
Οι στρατιώτες της Βέρμαχτ συγκέντρωσαν τους αρρένες κατοίκους μεταξύ 16 και 60 χρόνων στις θέσεις Αλώνια και Κούτρες. Οι γυναίκες και τα παιδιά αρχικά συγκεντρώθηκαν στα σχολεία και στη συνέχεια, αφού είχαν απομακρυνθεί οι άντρες, τους επετράπηκε να πάρουν μαζί τους όσα πράγματα μπορούσαν και να φύγουν προς το Καστρί και την Ευκαρπία ενώ κλείδωσαν σε κοινοτικό κατάστημα 23 υπερήλικες, οι οποίοι αργότερα κινδύνεψαν από την πυρπόληση του χωριού.
Στις 09.00 το πρωί δόθηκε το σήμα με μια φωτοβολίδα, και οι Γερμανοί στρατιώτες άρχισαν να εκτελούν άρρενες κατοίκους ηλικίας από 16 μέχρι 60 ετών. Από την εκτέλεση εξαιρέθηκαν στο Άνω Κερδύλιο δεκαεπτά άτομα άνω των εξήντα ετών, μεταξύ των οποίων ο ιερέας, ο δάσκαλος και ο δασοφύλακας και στο Κάτω Κερδύλιο δέκα γέροντες. Οι άνθρωποι αυτοί χρησιμοποιήθηκαν μετά το τέλος των εκτελέσεων για την ταφή των νεκρών.
Τα κτίρια των χωριών κάηκαν εκτός από τις εκκλησίες και μετά την καταστροφή, οι κάτοικοι κατέφυγαν στα χωριά Καστρί και Ευκαρπία.
Σύμφωνα με τις μεταπολεμικές λίστες εκτελεσθέντων ο αριθμός των νεκρών ανήλθε σε 214 άτομα. Οι εκθέσεις των τότε αστυνομικών αρχών και της Γενικής Διοίκησης Μακεδονίας έκαναν λόγω για 211-212 εκτελεσθέντες ενώ οι γερμανικές αρχές κατοχής για 207. Στην έκθεση που συνέταξε μεταπολεμικά το Ελληνικό Εθνικό Γραφείο Εγκλημάτων Πολέμου αναφέρεται ότι οι νεκροί ήταν 222. Τέλος ο Γιάννης Παπασυμεών στο βιβλίο του για την καταστροφή των Κερδυλίων δημοσιεύει κατάσταση 230 ατόμων, μεταξύ των οποίων και ετεροδημότες, που συντάχθηκε μεταπολεμικά από την κοινότητα των Νέων Κερδυλίων.
Τα χωριά δεν ξανακατοικήθηκαν και οι εναπομείναντες κάτοικοι έκτισαν αργότερα το 1955 τον σύγχρονο οικισμό των Νέων Κερδυλίων. Η σφαγή των Κερδυλίων αναγνωρίστηκε από το Ελληνικό Κράτος το 1998 με το Προεδρικό Διάταγμα 393/7-12-1998 και η κοινότητα Νέων Κερδυλίων ως μαρτυρική. Το ολοκαύτωμα των Κερδυλίων θεωρείται η πρώτη ομαδική εκτέλεση αμάχων από τα στρατεύματα κατοχής στην Βόρεια Ελλάδα κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο.
Tα Νέα Κερδύλια
Η σφαγή των Κερδυλίων αποτέλεσε, όπως και οι υπόλοιπες θηριωδίες κατά την κατοχή, αφορμή για να κατηγορηθούν από τις μεταπολεμικές κυβερνήσεις, οι αντάρτικες ομάδες, συχνά προσκείμενες στο κομμουνιστικό κόμμα, ότι κατά την δράση τους δεν προστάτεψαν τον άμαχο πληθυσμό και τον εξέθεσαν, με αποτέλεσμα να αποτελέσουν εύκολη λεία στα αντίποινα των κατακτητών, κάτι που δεν μπορεί να στηριχθεί από την ιστοριογραφία.
Σήμερα στην περιοχή υπάρχει μνημείο με υψωμένο μεγάλο μαρμάρινο σταυρό που ανυψώθηκε το 1978 ενώ κάθε χρόνο στις 17 Οκτωβρίου τελούνται εκδηλώσεις μνήμης.
