Ήταν Παρασκευή, 31 Μάη 1957, γύρω στη 1.40 το μεσημέρι, όταν στην παραλιακή λεωφόρο του Αλίμου μια βαριά πράσινη «Μπουίκ», με αριθμό ΞΑ 1941, τρέχοντας με ταχύτητα 120 χιλιομέτρων, έπεσε πάνω στον Στ. Σαράφη και στη σύζυγό του Μάριον, σκορπίζοντας το θάνατο. Οδηγός του μοιραίου αυτοκινήτου ο Ιταλοαμερικανός υποσμηνίας Μάριο Μουζάλι, που υπηρετούσε στην 22η Μοίρα Διαβιβάσεων της αμερικανικής αεροπορικής βάσης του Ελληνικού. Μια ώρα μετά, η καρδιά του Στέφανου Σαράφη δε χτυπούσε πια και ο τιμημένος λαϊκός ηγέτης έφευγε από τη ζωή, σε ηλικία 66 ετών.
Η είδηση του θανάτου του στρατηγού έγινε πολύ γρήγορα γνωστή. Οι εφημερίδες έβγαλαν έκτακτα παραρτήματα και σε λίγες ώρες πλήθος πολιτών συνέρρεε στα γραφεία της εφημερίδας της ΕΔΑ «ΑΥΓΗ», στην οδό Ομήρου, για να μάθει περισσότερες λεπτομέρειες. Σε κάθε γωνιά της Αθήνας, ο χαμός του στρατηγού – που τότε ήταν βουλευτής και γενικός γραμματέας του Γενικού Συμβουλίου της ΕΔΑ – ήταν το κύριο θέμα συζήτησης. «Τον φάγανε!!!», ήταν η γνώμη που κυριαρχούσε. «Τον φάγανε!!!», έλεγε το λαϊκό ένστικτο. Κι όταν πια έγινε γνωστό πως το μοιραίο αυτοκίνητο οδηγούσε σμηνίας που υπηρετούσε στην αμερικανική βάση, κανείς δεν είχε την παραμικρή αμφιβολία πως ο στρατηγός είχε δολοφονηθεί.
Οι υποψίες ότι ο στρατηγός δολοφονήθηκε εκφράστηκαν, όπως προαναφέραμε, από την πρώτη στιγμή. Η ιστορία του, οι πατριωτικοί και πολιτικοί του αγώνες για τα δίκαια του λαού, η ηγετική πολιτική του δράση από τις γραμμές της ΕΔΑ, καθώς και οι συνθήκες του μετεμφυλιακού καθεστώτος στην Ελλάδα υπογράμμιζαν με κατηγορηματικό τρόπο ότι ο Στ. Σαράφης είχε πολλούς εχθρούς που θα ήθελαν να τον δουν να εγκαταλείπει το μάταιο τούτο κόσμο. Και δεν ήταν λίγοι εκείνοι που, δοθείσης ευκαιρίας, θα φρόντιζαν για μια τέτοια εξέλιξη.
Τις εκτιμήσεις πως επρόκειτο για δολοφονική επίθεση εναντίον του Σαράφη ενίσχυσαν και τα αποτελέσματα των αστυνομικών ερευνών, όπου εντοπίστηκαν πλήθος αναπάντητων ερωτηματικών σχετικά με τις συνθήκες του «δυστυχήματος», τη συμπεριφορά του Αμερικανού σμηνία, όπως και άλλων παραγόντων που «εξαφανίστηκαν» αμέσως μετά.